El año 2007, el Humedal Tunquén fue identificado como uno de los 56 sitios prioritarios de la Estrategia Regional de Biodiversidad de la Región de Valparaíso, dada su importancia en diversidad de flora y fauna nativa terrestre y acuática representativa de humedales costeros de Chile central.

Actualmente el humedal se encuentra amenazado por dos proyectos que suponen la intervención directa del humedal. Uno es la construcción de un puente que pasaría por sobre el humedal por parte del MOP.

El otro, corresponde al proyecto denominado “Arenas de Tunquén”,  aprobado sin un Estudio de Impacto Ambiental (EIA), que pretende construir 198 viviendas de dos pisos y de 1.000 metros cuadrados de terreno cada una en el sector sur del humedal.

A su vez, desde la organización aseguran que otra de las amenazas que afecta al humedal corresponde al uso desmedido de las aguas por parte del Condominio Santa Agusta, propietario de los derechos de agua del humedal.

Actualmente los vecinos se encuentran trabajando para convertir el lugar en Santuario de la Naturaleza. La Seremi Tania Bertoglio señaló que en virtud de la preocupación demostrada por parte de la organización "Tunquén Sustentable", y los propietarios del sector, hay que destacar que los antecedentes del humedal están siendo analizados para conseguir que estos terrenos se declaren como Santuario de la Naturaleza