Sin embargo, a pesar de las grandes cifras, el crecimiento de la industria salmonera en Chile ha sido y es altamente cuestionado por sectores de la sociedad civil vinculados a la ciencia, organizaciones de pescadores, organismos de protección ambiental y habitantes de las regiones australes en las que estas empresas operan. A lo largo de varios años, la industria salmonera en Chile ha protagonizado diversos escándalos medioambientales y sanitarios que han perjudicado no solo los recursos marinos sino también la calidad de vida de los ciudadanos.

El primer episodio público salió a la luz en 2007 cuando la sobrepoblación de salmones en los criaderos provocó el brote del virus ISA. El hecho desencadenó la peor crisis sanitaria en la historia de la industria nacional y dejó sin empleo a más de 15 000 personas. En el año 2016, 9000 toneladas de salmones muertos fueron vertidos al mar de Chiloé intensificando la marea roja hasta niveles nunca antes vistos, lo que causó, a su vez, una mortandad de peces sin precedentes y una profunda crisis social y económica. En 2018, una fuga de casi 700 000 salmones, desde las jaulas de crianza, ocasionó un nuevo problema ambiental con consecuencias hasta ahora desconocidas pero que, según los pronósticos de científicos, podría poner en riesgo a las poblaciones de especies nativas.

Sumado a esos eventos, la industria salmonera ha sido criticada por el uso excesivo de antibióticos en los peces; por generar condiciones anaeróbicas en el agua, es decir, por consumir el oxígeno disponible impidiendo la existencia de la vida en el mar; y por extenderse sobre áreas prístinas consideradas importantes refugios para la biodiversidad marina en el mundo. Este último caso se relaciona con la actual instalación de salmoneras en la reserva de la biósfera Cabo de Hornos por parte de la empresa Nova Austral S.A.