José Quintanilla Fernández fue condenado a 5 años y un día de presidio por el delito de secuestro calificado del estudiante universitario y militante del MIR Alonso Lazo Rojas, ocurrido en noviembre de 1975. Un crimen calificado como lesa humanidad.

La Comisión de Libertad Condicional que rechazó darle el beneficio, argumentó que, pese a la buena conducta del reo, el informe psicosocial de Gendarmeria "es negativo en cuanto a las manifestaciones de su carácter, tendencias y moralidad; ya sea porque tienen insuficiente o inexistente conciencia del delito y del daño ocasionado a consecuencia de aquel, o validando o justificando conductas delictuales".

Alonso Lazo Rojas era estudiante de Pedagogía en Castellano de la Universidad de Chile. Tenía 24 al momento de su desaparición, el 14 de noviembre de 1975. A las 10 de la mañana, seis civiles llegaron a la casa donde alojaba en Copiapó. Presentaron, según la hija de la dueña del hogar, una tarjeta plastificada que se leía "Servicio de Inteligencia Militar".

Junto a su esposa Nicza Estrella Báez Mondaca, Alonso Lazo fue trasladado al Regimiento de Infantería Motorizada N°23 "Copiapó", cuyo comandante era el Teniente Coronel Arturo Alvarez Sgolia, Jefe de la Zona en Estado de Emergencia e Intendente de Atacama.

En diciembre de 2012, el juez Mario Carroza dictó la sentencia de primera instancia en contra de Álvarez Sgoglia por 10 años y otros seis ex oficiales por su responsabilidad en el secuestro y desaparición de Lazo. Entre ellos estaba José Quintanilla Fernández.

La Suprema argumentó que el informe sicológico no puede impedir a que un condenado acceda a beneficios penitenciarios y que la gravedad de que sean crímenes de lesa humanidad fue considerado en la sentencia.

También apunta a un informe del Instituto Nacional de Derechos Humanos, donde aseguran que en el caso de Chile se deberían cumplir tres elementos "indispensables" para el beneficio carcelario a violadores de derechos humanos: Un control judicial del beneficio, considerar la gravedad del delito al evaluar la concesión y que exista un proceso transparente que garantice los criterios utilizados.

El fallo dice también que la libertad condicional "no conlleva desconocer la particular gravedad de los crímenes de lesa humanidad como aquel por el que cumple condena el amparado".

Sin embargo, el caso de Quintanilla fue el único de los cinco reos de Punta Peuco liberados ayer que contó con un voto en contra. Fue el ministro Manuel Valderrama, quien estuvo por mantener la sentencia en tanto el ex coronel se encuentra sometido a otro proceso judicial por otro crimen de lesa humanidad, "situación procesal incompatible, en su parecer, con la obtención de la libertad condicional".