En abril de 2013, el Servicio de Impuestos Internos (SII) fiscalizó los precios de transferencia usados por Monsanto Chile durante el año comercial 2009. De acuerdo a los estados de resultado de la empresa, la entidad objetó lo correspondiente a las categorías "producción" e "investigación y desarrollo"; es decir, la rentabilidad alcanzadas y revisadas no eran razonables, al encontrarse por debajo de los resultados en las mismas áreas, pero de empresas con las que se pueden comparar (en concreto, las empresas fueron Shandong Denghai Seeds Co Ltda, Xianjiand Talimu Agriculture Development Co Ltd. y Wanxiang Donee Co Ltd y Berg Eartg Co. Ltd.)

La medida motivó a que Monstanto llevara el conflicto al Tribunal Constitucional, acusándolo de una serie de irregularidades, según consignó el vespertino La Tercera PM. El hecho se justifica en que, durante el proceso, se han hecho cobros de liquidaciones que consideran "ilegales" e "inconstitucionales" producto de "dilaciones administrativas y judiciales injustificadas". Han sido, en total, nueve años que han resultado en altas penalizaciones por mora en obligaciones tributarias.

Desde Monsanto señalaron que lo del SII no tiene fundamentos, pues la comparación que impulsaron no contiene argumento que explique por qué la selección de tales empresas por sobre otras. 

“Los intereses moratorios excede en más de un 170% de veces al capital adeudado, estableciéndose a la fecha una deuda total de $3.078.114.900, de la cual el monto de la deuda neta en capital de la obligación tributaria cuya existencia aún se discute, es de $861.355.703, es decir, sólo por intereses la deuda asciende a asciende a $2.216.759.197, contando el reajuste”, fueron parte de los argumentos que presentó la empresa.

Otro de los puntos que refuta la multinacional respecto a la situación tiene que ver con que la selección de las empresas con las que se les comparó: la lista para este tipo de acciones está compuesta por 259 empresas. Las que fueron puestas como referencias, en este caso, se encuentran en el hemisferio norte, lo que hace el "año fiscal" coincida con el "año agrícola"; distinta situación en la de Chile, donde ambos años difieren y como consecuencia, el ejercicio de comparación rentable puede verse distorcionado.