El 6 de mayo de 2015 , la Presidenta Bachelet le pidió la renuncia a Rodrigo Peñailillo (PPD) en medio del escándalo del caso SQM. Cinco días después, Jorge Burgos, figura histórica de la Democracia Cristiana y de la transición, asumió como ministro del Interior. Ese día, el jefe de gabinete de ministros y nuevo número dos del gobierno se comprometió a escuchar "todas las voces del país" y señaló que, al igual que la DC, estaba "comprometido con el programa y el actuar del gobierno de la actual Mandataria".

La llegada de Burgos fue llamada como un "segundo tiempo" para el gobierno, sin embargo, sus diferencias con el programa y la presidenta se hicieron públicas varias veces.

Tan solo un día después de asumir, Burgos le dio el portazo a la idea de asamblea constituyente como vía para cumplir la promesa de nueva constitución hecha por la Nueva Mayoría. "Como tal no está en el programa de gobierno", causando la molestia del "ala izquierda" de la Nueva Mayoría. "Yo en mi anteriores responsabilidades tengo una opinión sobre la Asamblea Constituyente que, por lo menos como se ha propuesto en algunos libros acá, que no la comparto". La tensión del jefe de gabinete  con la coalición fue constante. En octubre amenazó con renunciar si no se aprobaba la nominación de Enrique Rajevic a la Contraloría General de la República, señalando que "si se rechazara, es una derrota para Enrique, que no se lo merece y particularmente para mí, porque yo se lo propuse a la Presidenta. Estoy optimista, pero no confiado". En otras declaraciones dijo que su permanencia no tendría sentido si se rechazaba tal nombramiento. Burgos tuvo que tragarse su amenaza, ya que Rajevic fue rechazado en el Senado y recién en diciembre se aprobó la nueva nominación, Jorge Bermúdez.

El 27 de diciembre del 2015 Bachelet visitó la región de la Araucanía, desatando el que sería su mayor impasse con Burgos y el inicio de su distanciamiento. A diferencia de las pautas presidenciales tradicionales, que se informan con antelación, este viaje sólo se hizo público a las 6 de la mañana del mismo día. El principal damnificado fue el ahora exministro, para el que la agenda en la región era uno de los pilares. En los últimos meses, Burgos había visitado cuatro veces La Araucanía y designado a un intendente de su exclusiva confianza, Andrés Jouannet. La molestia del ministro del Interior fue pública y llegó a tal nivel que presentó su renuncia, la que declinó luego de una reunión privada con Bachelet. Sus declaraciones a la salida de esa reunión, que aseguró su continuidad como jefe del gabinete de ministros, lo dejaron claro: “La Presidenta de la República lo que le interesaba, obviamente, era ir a la Araucanía, lo cumplió, en fin. Los detalles de un procedimiento hecho mal no los maneja ella. Yo le expliqué el significado que tiene, ella me comprendió la necesidad de que no se vuelva a repetir una cosa así”, señaló.

En marzo de este año, en entrevista con CNN, el ministro del Interior reconoció que si él estuviera en la posición de parlamentario, tendría dudas respecto de despenalizar el aborto en casos de violación, indicación que en ese momento pasaba un difícil trámite en el parlamento al no tener el apoyo de toda la Nueva Mayoría, pese a que formaba parte clara de los compromisos del programa de gobierno. “Las dos primeras causales, si yo fuera diputado, no tendría ninguna duda. Si yo fuera diputado, respecto de la tercera causal, estaría en un momento de duda. Usted me puede decir, pero cómo, si usted es del gobierno. Uno no es de una coalición por un determinado proyecto de ley”, respondió sin profundizar en su definición. 

Uno de los últimos puntos que habría producido roces entre el ahora ex ministro y la presidenta es el de la querella que Michelle Bachelet interpuso la semana pasada contra la Revista Qué Pasa por injurias. Burgos fue por años miembro del Consejo de Redacción del diario La Tercera y, según informa El Mostrador, el silencio que había guardado respecto a la querella se había visto como un rechazo a esta decisión. Fuentes de La Moneda aseguraron al mismo medio que Burgos incluso había presentado a la propia Bachelet su discrepancia al respecto.