Una década después del fin de la dictadura, los archivos microfilmados de la Dirección Nacional de Inteligencia (DINA) y la Central Nacional de Informciones (CNI) fueron quemados. Durante el mismo tiempo, el Ejército negó insistentemente la existencia de estos archivos ante la justicia, que realizaba investigaciones vinculadas a los crímenes de derechos humanos. 

Los documentos fueron desaparecidos en Escuela de Inteligencia del Ejército, en la localidad de Nos, en las afueras de la capital. Los microfilmes se lanzaron a un horno encendido hasta que todo desapareció.

Los archivos habían quedado custodiados en una bóveda climatizada y permanecieron ahí por más de diez años. Al respecto, el ex ministro de la Corte de Apelaciones Alejandro Solís, hoy coordinador de la Unidad de Derechos Humanos del Ministerio de Defensa, señaló que "preguntaba a los militares dónde habían quedado y nadie sabía. Esa siempre fue su posición oficial”.

Luego de 2015, tras declarar por el homicidio del ex presidente Eduardo Frei Montalva, algunos oficiales y empleados del Ejército comenzaron a dar pistas de lo ocurrido con los microfilmes.

El medio The New York Times accedió a las declaraciones y entregó más detalles acerca de los documentos. Según los testigos, cada rollo contenía unas 2500 imágenes, pero los especialistas recalcan que podrían guardar hasta 10 mil.

La CNI contó con los servicios de la multinacional Kodak, que paradójicamente también trabajaba para la Vicaría de la Solidaridad del Arzobispado de Santiago, protagonista en la defensa de los derechos humanos durante la dictadura. La empresa les vendió equipos e insumos, capacitándolos sobre cómo usarlos para resguardar información. Los militares comenzaron a microfilmar en 1977.

La quema de los archivos ocurrió a inicios de 2000, antes del regreso de Pinochet desde Londres. Entre los documentos había carpetas con fichas de personas, fotografías, cédulas de identidad, recortes de diario y planos, donde cada carpeta correspondía a una persona o hecho relevante.

El suboficial Raúl Otárola declaró que el ex director de la DINA había retirado hace unos años los únicos tres rollos de microfilmación vinculados al caso de Orlando Letelier, el ex canciller chileno que fue asesinado en un atentado con auto bomba.

Según las declaraciones, en 1999, el director de inteligencia del Ejército, el general Eduardo Jara, ordenó a la jefa de Archivo de la DINE, Mercedes Rojas, revisar si los microfilmes contenían información vinculada a derechos humanos. Solo unos meses antes, el Gobierno había convocado a las Fuerzas Armadas para iniciar un diálogo sobre información acerca del destino de los desaparecidos.

Jara instruyó incinerar todo el material y la orden fue enviada al suboficial Luis Zúñiga y el cabo Osvaldo Ramírez. Hasta ahora, no se ha podido confirmar de dónde vino la orden de destruir los rollos ni cuál fue el grado de participación del ex comandante en jefe del Ejército Ricardo Izurieta, quien sucedió a Pinochet. 

El ex jefe de inteligencia de la PDI y jefe del primer equipo de investigación de la policía en causas de derechos humanos señaló que dicha información podría aclarar el destino de los detenidos desaparecidos y resolver numerosos crímenes. Sin embargo, agregó que "lamentablemente, por lo mismo creo que los destruyeron".